Me he encontrado el caso de un cliente que al comparar el Detalle de Facturas Informadas por Proveedor con el Detalle de Presentación de Facturas recibidas, mientras el proveedor tiene declarado como tipo de factura F3 (Factura en sustitución de facturas emitidas), en el archivo del cliente aparece declarada esa factura con el tipo F1. Si bien al generar facturas de ventas Sage permite especificar este tipo, en facturas de compras lo deduce según el tipo de operación, por lo que en este caso no nos queda más remedio que modificarlas en la web de hacienda una vez generadas.
Mi sugerencia sería la de que hubiese alguna opción para poder especificar en las facturas de compra creadas desde el módulo de Contabilidad el tipo de factura a generar en el xml del SII para que coincida con el tipo declarado por el proveedor.